Pedro, filho de Jacó Kanis, burgomestre de Nimeg, piedoso desde menino, consagrou a Deus a virgindade quando entrou nos dezenove anos. Tendo estudado direito civil em Colônia e direito canônico em Louvain, aos 23 de fevereiro de 1540, seguindo as pegadas dum amigo íntimo, Lourenço Súrio, fez-se cartuxo.
Mais tarde, passando para a Companhia de Jesus, levado por Pedro Favre, foi ordenado padre em 1546.
Doutor em teologia em 1549, Pedro Canísio, na Alemanha (onde fermentavam as doutrinas de Lutero, falecido no ano mesmo em que nosso Santo fora ordenado) devia trabalhar durante trinta anos.
A universidade de Ingolstadt estava-se organizando, e a atividade de São Pedro Canísio foi prodigiosa. Superior religioso, predicador, educador, missionário, administrador, escritor, teólogo, diplomata, mediador, conselheiro de príncipes e bispos, representante oficial da Santa Sé, assumiu as formas mais variadas da ação católica.
O Santo iniciou em 1549, as lições em Ingolstadt, sobre os sacramentos. Em 1550, era reitor da universidade, e, em 1552, transferia-se para Viena. Criado provincial para a Alemanha, Áustria e Boemia, em 1556, fundou colégios em Ingolstadt, Munique, Praga, Innsbruck, Tréveris, Wursburgo e outras cidades. Pregador zelosíssimo, foi recompensado com um breve do Papa Pio IV, em 1561. Em Augsburgo, em vinte e um meses, fez duzentos e quarenta sermões. Pregou para pobres e humildes, para ricos, príncipes e princesas. Conselheiro de Madalena da Áustria, filha do imperador Fernando I, fê-la interessar-se grandemente pelos pobres e pelos doentes e, especialmente, pelas pecadoras.
Se o mundo germânico não abandonou completamente a Igreja na crise suscitada por Lutero, deve-o ele a São Pedro Canísio, cuja ação e atividade eram verdadeiramente maravilhosas. Intervindo em questões político-religiosas, contribuiu para uma feliz conclusão do concílio de Trento. A pedido do cardeal Hósio, polonês, legado do Papa, participou dos trabalhos que diziam respeito ao Index estabelecido por Paulo IV Carafa. Data destes tempos o mais fecundo período da vida do santo jesuíta.
Uma das missões que levou a cabo, e das mais delicadas, foi a que lhe confiou o Soberano Pontífice Pio IV, missão secreta e perigosa: estimular o zelo dos bispos alemães e fazer com que aqueles prelados, pusessem em vigor uma nova legislação - os decretos tridentinos.
Velho e cansado, São Pedro Canísio faleceu a 21 de dezembor de 1597, e uma multidão, a rezar o terço, apareceu para vê-lo pela última vez e para tocá-lo reverentemente.
São Pedro Canísio foi modesto, humilde, compenetrado, todo espiritual. Comedido, jamais o viram rir com estrépito. Incansável, nunca esteve ocioso ou soube o que era sonolência. Lia, rezava, amava o rosário, o ofício da Santa Virgem e meditava. Quem orava por ele, ganhava o seu mais alto reconhecimento. Paciente, sempre satisfeito, vivo, ativo, obediente, era o tipo do religioso perfeito. Se conseguiu reconquistar, para o catolicismo, tantas regiões da Europa, foi graças à doçura, à caridade evangélica e à paciência que o obteve tão pacientemente. (Vida de Santos, Padre Rohrbacher, Volume XXI, p. 376 à 378)